良好的免疫組化染色切片是正確判斷染色結果的基礎和前提。由于免疫組化染色過程中存在很多步驟或環節，每一個步驟或環節都可能影響到染色的終結果，因此，要做好一張高質量的免疫組化切片并不是一件非常容易的事。需要實驗人員不懈努力才能保證做出合格的免疫組化切片。雖然免疫組化染色可以存在各種各樣的問題，但從染色的結果看，一般可分為兩類：無色片(即無陽性信號)和“雜音”染色片(有陽性信號)。
 

　　染色結束后，切片中見不到任何陽性信號。這是比較常見的現象，出現這種現象，有兩種可能：1、真陰性結果：整個染色過程沒有出現問題，組織或細胞確實不表達與抗體相關的抗原。2、假陰性結果：即此陰性結果不是真實的反映。假陰性結果又可分為兩種情況：(1)切片中根本就不包含所預期檢查的組織或細胞。出現這種情況，可能是實驗人員選擇錯了切片或選錯了抗體。獲得正確的切片進行染色是獲得正確結果的前提。由此表明：制作出合格的免疫組化切片是至關重要的。(2)染色過程中的某一或某些環節出了問題。比如，組織未進行抗原修復，有的組織必須經過抗原修復才能檢測抗原表達；或選用了只能用于冰凍組織而不能用于石蠟包埋組織的抗體；或一抗失效，抗體長期不用和/或已超過有效期是主要的原因。也可見于染色過程中漏掉了某一環節，如忘記加二抗或三抗，或用了兩次二抗而缺少了三抗，或配制DAB時少了過氧化氫。為了避免這種簡單的錯誤，有一種簡單的方法：在三抗孵育結束時，將切片上的三抗甩在一張白紙上，在將配制好的DAB滴一滴在白紙的三抗上，觀察是否出現棕色。如果出現了，證明三抗和DAB的配制過程沒有錯誤。如果這種DAB再滴到切片上沒有出現任何陽性信號，問題一定是出在三抗以前。如果紙上不出現棕色反應，問題肯定在三抗或DAB的配制過程。這種簡單方法能迅速的幫助我們查找出現問題可能的原因。
 

　　解決陰性染色的問題非常簡單，就是設立“陽性對照”。如果陽性對照有了表達，說明染色的全過程和所有試劑都沒有問題。如果此時待測樣本仍為陰性，便是真實的陰性，說明組織或細胞沒有相應的抗原表達。反之，如果陽性對照沒有著色，表明染色過程中某個或某些步驟出了問題或試劑出了問題。應一一尋找原因。陽性對照包括兩種，一種稱為“自身對照”或“內部對照”，這是指在測試的切片中本身就存在已知的抗原，如正常淋巴結中存在T和B細胞抗原，CD20或CD3都應該有表達。
 

　　免疫組化標記中與預后有關的標記大致可分為三類：①類固醇激素受體：如雌激素受體、孕激素受體等，免疫組化與乳腺癌的關系已獲*，性激素受體陽性者內分泌治療效果較好，預后也較好。相似的結果也見于子宮內膜癌和卵巢癌。②腫瘤基因標記：如癌基因c-erB-2，c-myc，P53蛋白等，在腫瘤中高度表達者，患者預后較差；而nm23蛋白高度表達者，腫瘤轉移率較低，預后較好。③細胞增殖性標記：如表皮生長因子受體(EGFR)、增殖細胞核抗原(PCNA)、Ki-67等，表達指數越高，表明其增殖越活躍，惡性度增高，預后不良，其中以惡性淋巴瘤、乳腺癌較為明顯。而且在乳腺癌的研究中發現Ki-67、PCNA、EGFR陽性者，淋巴結轉移率高，并與激素受體的表達呈負相關。